Además de la tala desmedida en algunas zonas de la cuenca y el uso extensivo del abono químico en el cultivo del café, especialmente la variedad Pache, hay otros fenómenos que inciden en la contaminación del agua como son el manejo de desechos sólidos y el escurrimiento de aguas residuales. A continuación, se abordan las principales causas de contaminación mencionadas por los entrevistados.